《倚天屠龍記》開篇金庸引用丘處機詞贊小龍女：“渾似姑射真人，天姿靈秀，意氣殊高潔。萬蕊參差誰信道，不與群芳同列”小龍女美貌無雙，氣質高潔，近乎完美，成為讀者心中女神。因此人們往往好奇，如此佳人是否藏有不可告人的秘密？
一、小龍女身世之謎話說十八年前的一個深夜，重陽宮內，一陣清風拂過，傳來嬰兒啼哭之聲，她就是幼年小龍女！後來古墓中的侍女林朝英的貼身丫鬟出墓，將其收養。於是乎，小龍女的身世成謎，讓人遐想連篇。
小龍女的父母究竟是誰？這是無數讀者心中的謎團。有人猜測，能生出如此超凡脫俗的女兒，其父母定非池中之物。或許，他們因江湖恩怨，不得不忍痛割愛，將小龍女置於重陽宮前，以求她能在重陽宮避世成長，免受江湖紛擾。又或許，這是一場精心策劃的復仇計劃，小龍女隻是其中的一枚棋子，但終究未能如願。
更有甚者，根據丘處機的一首詞作，有人大膽推測小龍女的父親或為丘處機。詞中意境深遠，情感復雜，似乎暗含瞭對某段未瞭情緣的追憶。然而，這終究隻是猜測，金庸先生並未在書中明確提及，留給讀者無限遐想的空間。
二、小龍女對公孫止的心意在《神雕俠侶》中，小龍女與公孫止的短暫“戀情”，無疑是全書的一大轉折點，也令許多讀者意難平。
書中介紹，小龍女之所以願意嫁給公孫止，首要原因是為瞭避開武林的偏見與指責。她與楊過的師徒之戀，本就不為世俗所容，小龍女不忍心楊過因娶自己而被世人唾罵，因此腦子一熱，選擇瞭公孫止（糊塗）。
當然，其中也有另一方面的原因——楊過不願久居古墓。為何楊過說這句話的時候，小龍女決心離開他？因楊過隻有待在古墓裡，才不會被天下群雄恥笑，可惜楊過不懂這一點，所以為瞭楊過日後的人生，小龍女隻能離開。
那麼，小龍女當真就這般無私嗎？其實不然，在連載版《神雕》中，金老還隱約透露出小龍女對公孫止的一點心意——她覺得公孫止氣度不凡，文武雙全，是個可以共度餘生的人。又原文Wie證：（小龍女）與他相處數日之後，覺他氣度沉穆，識見淵博，實不似個鄉居孤陋之士，兼之文武全才，也不禁微感傾心，暗想陪著他過一輩子，也就是瞭，豈知冤傢路狹，楊過這人竟是躲避不瞭。
三、小龍女體內的劇毒小龍女體內的劇毒，是她命運多舛的又一例證。這毒無藥可解，卻也在她的堅持中，似乎找到瞭緩解之法。小龍女所中之毒，無人能解。書中記載，她中毒後，生命危在旦夕，卻憑著區區白魚和蜂蜜，居然抑制瞭體內的毒性，這就有點離奇瞭。
書中，她自述毒發間隔漸長，近五六年未發，便自認為是好瞭。這僅僅隻是小龍女自己的猜測，金老始終沒有旁白證明小龍女體內劇毒已經化解幹凈，所以小龍女後來有沒有可能因劇毒復發而死呢？
這便是小龍女身上存在的三大不為人知的秘密，不知各位大俠是否能夠解答？